Mirskolerne fungerer som én skole, men er fordelt på 2 forskellige afdelinger. Udover de fysiske rammer og den geografiske placering, er de to afdelinger ens. Det betyder at behandlingsarbejde, undervisning, struktur, ledelse og årshjul er ensrettet for de to matrikler.

Ledelse og specialister er tilknyttet begge afdelinger, ligesom der i perioder er personale som har opgaver på begge matrikler.
Terminsprøver, motionsdage, temauger mv. afholdes også fra tid til anden i fællesskab.